二世帯住宅は作り方によって居住用の小規模宅地の適用にならず、相続税を大幅に支払っている相続人が多かったと思われます。小規模宅地が適用になれば1億円の自宅も80％減額されて2,000万円の評価になります。適用されるか否かで天国と地獄の差です。

一般的な街の工務店や大工さんでは相続税の知識がそこまでなくて、二世帯住宅を建てて小規模宅地が適用になると思っていたら、いざ相続となって適用にならなかったということがしばしばあったようです。

父の所有する土地の上に二世帯住宅を建て、一階に父母が、二階に長男夫婦（もしくは長女夫婦）が居住していた場合、父の死亡により、長男（長女）がその住宅の敷地を相続した時に、問題が発生していました。
二世帯住宅は大きく分けると、次の二つになります。

(１) 二世帯に外階段を設置してあるが、内部では行き来が出来ない構造。
(２) 二世帯住宅の外階段が設置してあると同時に、内部にも内階段等によりお互いに行き来出来る構造。

特定居住用の小規模宅地は、被相続人や同一生計親族の居住用に使用されていた空き地等に適用されますが、二世帯住宅の場合、「被相続人の親族で居住用家屋に同居していた者」が、二世帯住宅の構造上問題になっていたのです。
すなわち、相続開始の直前において、被相続人の居住用家屋で、被相続人（父）とともに、起居していたことが要件になるため、独立した家屋で内部で行き来が出来ない構成になっている(１)の場合には、長男が敷地を相続しても、小規模宅地が適用されないとしていたのです。

大手の建設会社であれば、二世帯住宅を建てるときに小規模宅地の特例が適用になるように様々な工夫や裏技を駆使していたようです。 内部で行き来ができるというのがその条件の1つでした。
しかし、夫の親が自分たちの居住空間に入って来るのは、若い妻にとっては納得できないということもありました。

そこで、悪知恵を働かせて内部で行き来できるような設計にしておき、相続が発生するまでは壁を使ったり、家具を置いて行き来できないようにし、相続が発生したら壁を取り払うなどということも一部の住宅建設会社では提案していたようです。

外階段でしか行き来できない二世帯住宅は、小規模宅地は適用不可が原則でしたが、これが平成25年税制改正で緩和されました。
下手な小細工をせずに、二世帯住宅が建てられるようになり、小規模宅地の特例が適用されます。
ただし、小規模宅地等は要件等落とし穴が多いため相続専門の税理士に相談することが大切です、適用緩和は平成26年1月1日からです。消費税の増税を意識しての緩和措置と考えられます。

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